На страницу второго семестра

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

1. Эталонное выравнивание

   Идентификатор семейства доменов домена Цианат лиазы в Pfam: PF02560

   *

   1

   0

   *

   2

   0

   *

   3

   0

   *

   4

   0

   *

   5

   0

   *

   6

   0

   *

   7

   0

   C

   Y

   N

   S

   _

   E

   C

   O

   L

   I

   :

   C

   I

   D

   D

   R

   I

   P

   T

   D

   P

   T

   M

   Y

   R

   F

   Y

   E

   M

   L

   Q

   V

   Y

   G

   T

   T

   L

   K

   A

   L

   V

   H

   E

   K

   F

   G

   D

   G

   I

   I

   S

   A

   I

   N

   F

   K

   L

   D

   V

   K

   K

   V

   A

   D

   P

   E

   G

   G

   E

   R

   A

   V

   I

   T

   L

   D

   G

   K

   Y

   L

   P

   T

   K

   P

   F

   :

   7

   4

   C

   Y

   N

   S

   _

   S

   Y

   N

   P

   7

   :

   C

   L

   E

   P

   V

   I

   P

   T

   D

   P

   L

   I

   Y

   R

   F

   Y

   E

   I

   M

   Q

   V

   Y

   G

   L

   P

   L

   K

   D

   V

   I

   Q

   E

   K

   F

   G

   D

   G

   I

   M

   S

   A

   I

   D

   F

   T

   L

   D

   V

   D

   K

   V

   E

   D

   P

   -

   K

   G

   D

   R

   V

   K

   V

   T

   M

   C

   G

   K

   F

   L

   A

   Y

   K

   K

   W

   :

   7

   3

   C

   Y

   N

   S

   _

   A

   Q

   U

   A

   E

   :

   P

   Q

   Q

   P

   V

   P

   P

   T

   D

   P

   F

   V

   Y

   R

   L

   Y

   E

   V

   V

   I

   L

   Y

   G

   P

   A

   L

   K

   D

   V

   A

   H

   E

   M

   F

   G

   D

   G

   I

   M

   S

   A

   I

   D

   M

   S

   V

   E

   L

   E

   K

   V

   E

   Q

   E

   -

   G

   A

   E

   R

   M

   V

   L

   T

   F

   N

   G

   K

   W

   L

   K

   Y

   R

   K

   F

   :

   7

   3

   C

   Y

   N

   S

   _

   A

   R

   A

   T

   H

   :

   S

   Y

   D

   P

   N

   L

   I

   Q

   E

   P

   T

   I

   Y

   R

   L

   N

   E

   A

   V

   M

   H

   F

   G

   E

   S

   I

   K

   E

   I

   I

   N

   E

   D

   F

   G

   D

   G

   I

   M

   S

   A

   I

   D

   F

   Y

   C

   S

   V

   D

   K

   I

   K

   G

   V

   D

   G

   N

   N

   R

   V

   V

   V

   T

   L

   D

   G

   K

   Y

   L

   S

   H

   S

   E

   Q

   :

   7

   4

   p

   p

   t

   d

   P

   6

   Y

   R

   y

   E

   6

   5

   G

   6

   K

   6

   E

   F

   G

   D

   G

   I

   6

   S

   A

   I

   1

   f

   6

   K

   6

   g

   R

   v

   6

   T

   G

   K

   5

   L

2. Построение дерева по алгоритму UPGMA

   Построила матрицу "наивных" эволюционных расстояний между последовательностями моего выравнивания. Скобочная формула выглядит так:(((E:0.22,S:0.22):0.045,Aq:0.265):0.04125,Ar:0.30625); Где E,S,Aq,Ar это cyns_ecoli, cyns_Synp7, cyns_aquae, cyns_arath соответственно.

3. Построение UPGMA-дерева

   Изображение, полученное с помощью программы из Online-версии пакета Phylip: drawtree

   С помощью:drawgram
   
   Кроме ecoli, в моем случае белки из:

   1. Synp7 - синехококкус, бактерия.
   2. aquae -аквифекс эолицус, бактерия.
   3. arath - арабидопсис талиана, эукариоты.
      Таким образом, по получившимся деревьям можно судить, что наиболее близки эйшерихия и синехококкус, затем более близок к ним аквифекс, а затем и арабидопсис. Что неудивительно, учитывая, что арабидопсис принадлежит к эукариотам, а не к бактериям и его сродство к ним было бы неоправданным.

   4. Построение дерева по методу ближайших соседей

      Drawtree
      

      Drawgram
      
      Аналогично, в результате второго метода, получается, что наиболее родственны эйшерихия и синехококкус. Единтсвенная разница в том, что здесь родство аквифекс также признано далеким, несмотря на принадлежность к бактериям. Конечно, не столь далеким, как арабидопсис.

      ---

      ©Babskaya Evgeniya, 2005